李智杨 Li Zhiyang
广东医科大学临床研究中心入驻学者 · 医学本科生
独立自学生物信息学两年，具备从 Bulk 到单细胞、空间转录组的全流程独立分析能力。主攻肺腺癌（LUAD）侵袭转移与微环境空间生态位解析，并探索 AI Agent 生信科研自动化。
01. 关于我与学术背景
独立自学生物信息学两年，具备独立开展从 Bulk RNA-seq 到单细胞（scRNA-seq）、再到空间转录组（Spatial Transcriptomics） 全流程数据挖掘与建模能力。现为广东医科大学临床研究中心入驻学者、麻醉学专业本科生。
科研实践中坚持“生物学直觉先行、统计模型严谨、分析流程可复现”。重点深挖肺腺癌侵袭转移前沿（Invasion Front）的微环境空间异质性与调控网络，并探索 AI Agent 在生信流程自动化与统计合规审计中的落地。
“Combining biological intuition, statistical rigor and computational methods to extract reproducible biological signals from complex biomedical data.”
02. 核心研究方向
单细胞与空间转录组学
聚焦单细胞与组织原位空间转录组的联合建模，开展高精度细胞类型注释、微环境空间反褶积（Deconvolution）、细胞通讯及空间生态位（Spatial Niches）解析。
肺腺癌（LUAD）侵袭与转移机制
以肺腺癌为疾病模型，重点解析肿瘤侵袭浸润前沿（Invasive Front）的克隆异质性、基质重塑、免疫微环境抑制特征及关键调控靶标轴。
多组学分子分型与临床预后
整合大规模临床多组学与独立公共队列数据，运用机器学习特征筛选、统计建模与生存分析，构建稳健的分子亚型分层与预后评估模型。
AI Agent & 生信科研自动化
探索大语言模型与 Agent 编排框架在组学研究中的工程落地，实现从原始矩阵到建模报告的端到端自动化编排，以及统计合规与可复现性审计。
03. 学术论文与预印本 (Publications & Preprints)
Multi-omics Integration Analysis Identifies MMP1, HILPDA, and COL6A5 as Critical Determinants of Invasive Progression and Metastatic Adaptation in Lung Adenocarcinoma
李智杨 (Li Zhiyang), et al.
Proteomic Characterization of KRAS Mutation Landscapes in Lung Adenocarcinoma: A Multi-Algorithm Machine Learning Framework Identifies MUC5AC-Mediated Immune-Inflammatory Reprogramming
李智杨 (Li Zhiyang), et al.
04. 课题实践与分析流程
肺腺癌单细胞到空间转录组映射与侵袭前沿微环境生态位解析
整合原发与转移性肺腺癌的高通量单细胞与组织空间转录组数据，构建细胞空间解聚与原位坐标映射流水线。定量解析侵袭前沿（Invasive Front）恶性上皮细胞与基质、免疫细胞的空间共定位模式。
- 建立严格的单细胞质控与批次校正规范，实现高保真原位空间映射。
- 识别与局部微浸润显著相关的特征共表达模块及空间受配体通讯网络。
- 基于 Python (Scanpy, Squidpy) 与 R 跨平台交叉验证分析结果。
关键靶标及协同调控网络的多队列分子分型与临床预后建模
在 TCGA 及多个独立微阵列/RNA-seq 肺腺癌临床队列中，系统探究关键靶标及其协同调控轴的表达异质性、基因组变异关联与免疫微环境浸润特征。
- 运用单/多变量 Cox 比例风险回归与机器学习筛选，验证候选特征跨队列预后稳健性。
- 结合免疫浸润算法与基因集富集分析，阐明特征亚型的免疫微环境表型。
- 输出符合高水平期刊标准的出版级统计图表与跨队列元分析报告。
面向计算生物学研究的 AI Agent 自动化分析与结果审计工作流
设计针对高维生物组学数据的智能体驱动执行流水线，支持从原始表达矩阵输入到统计建模与结构化报告生成的自动化衔接，重点集成科研合规性自检与防伪重复机制。
- 内置统计推断审查规则，自动规避批次纠正矩阵直接用于假设检验等典型方法学误区。
- 提供结构化代码生成与自动化流水线编排能力，提升探索性生信分析的迭代效率。
05. 技能与全栈工程体系 (Skills & Engineering Stack)
组学与计算生物学 (Omics & Computational Biology)
全栈软件与数据工程 (Full-Stack & Data Engineering)
AI 智能体与系统架构 (AI Agent, DevOps & Cloud)
统计建模与出版级可视化 (Statistics & Scientific Visualization)
医学与临床素养 (Medical & Clinical Foundation)
06. 内容创作与技术分享
B站 UP主：生物小小疯子
致力于传播清晰、严谨、可复现的生物信息学与 AI 科研干货
在 Bilibili 平台持续分享计算生物学前沿方法拆解、单细胞与空间转录组实战教学、TCGA/GEO 数据挖掘技巧以及 AI 辅助科研工作流心得。
07. 教育与科研足迹
广东医科大学 (Guangdong Medical University)
临床研究中心入驻学者 · 麻醉学专业本科生 · 湛江校区
入驻临床研究中心开展课题研究，独立自学生信两年，掌握从 Bulk RNA-seq 到单细胞、空间转录组的全流程高阶分析与建模能力。
计算肿瘤学课题研究与工作流探索
Independent Computational Oncology Researcher
推进肺腺癌侵袭前沿微环境解析与关键调控网络挖掘；设计并开发 AI Agent 赋能的生信科研自动化辅助工具。
08. 联系与交流
无论您是希望就计算生物学课题、单细胞与空间组学分析、科研自动化工具进行学术交流，还是探讨合作机会，均欢迎随时联系！
Bioinformatics Resource Hub
系统收录全球权威公共多组学数据库、单细胞与空间图谱、通路注释、临床药敏平台及 AI for Science 前沿工具。
01. 核心肿瘤与公共组学数据库
涵盖大规模癌症基因组、转录组、蛋白质组与独立临床队列GDC Data Portal (TCGA)
美国 NCI 官方癌症基因组图谱门户，涵盖 33+ 癌种的多组学原始与处理数据（RNA-seq, WES, CNV, 甲基化及临床预后）。
NCBI GEO
全球最大的高通量基因表达公共数据库，汇集数十万个独立微阵列芯片与 RNA-seq 临床队列，外部验证与 Meta 分析首选。
cBioPortal for Cancer Genomics
MSKCC 打造的顶级癌症基因组学交互探索平台，支持在线分析基因突变谱、共突变/互斥、生存曲线与表达相关性。
CPTAC Data Portal
提供高精度的肿瘤蛋白质组学、磷酸化修饰组与匹配转录组数据，是深挖蛋白景观与通路重塑的权威来源。
DepMap (Cancer Dependency Map)
Broad 研究所主导的癌细胞系全基因组 CRISPR 敲除筛选与药敏图谱，快速验证候选基因对肿瘤生存的必需性。
ICGC Data Portal
汇集全球 50+ 种癌症的体细胞突变、基因组结构变异与多国独立队列，适合突变特征谱分析。
02. 单细胞与空间转录组图谱
人类细胞图谱、原位组织空间组学切片与肿瘤微环境单细胞生态CZ CELLxGENE
CZI 打造的标准化单细胞数据浏览器与下载中心，收录数千万高质量细胞数据，支持在线交互降维与 h5ad 下载。
Human Cell Atlas (HCA)
定义人类所有正常器官与组织的参考级单细胞多组学图谱，是疾病细胞对比与健康基线参考的标准。
TISCH 2.0
系统收录近 200 个高质量肿瘤微环境（TME）单细胞数据集，聚焦肿瘤浸润免疫细胞与基质细胞异质性挖掘。
Broad Single Cell Portal (SCP)
Broad Institute 权威单细胞在线交互平台，收录大量 Cell/Nature/Science 论文配套的高维单细胞数据集。
10x Genomics Official Datasets
10x 官方示范数据集中心（Chromium 3'/5', Visium 组织空间转录组, Xenium 原位亚细胞分辨），流程评测基准。
SpatialDB
专门收录多种空间组学技术（Visium, Slide-seq, MERFISH 等）的空间表达切片数据，支持空间共定位比对。
03. 通路富集、生物网络与功能注释
标准基因集、代谢与信号转导通路、蛋白质相互作用（PPI）网络MSigDB (Broad Institute)
分子特征数据库，包含 Hallmark, C2 经典通路, C5 GO, C8 细胞型等标准基因集，GSEA 与 GSVA 分析的核心底库。
KEGG Pathway Database
京都基因与基因组百科全书，经典生化代谢路径、信号转导通路及人类疾病通路的权威底图。
Reactome Pathway Knowledgebase
开源且经严格同行评审的分子通路知识库，提供极为精细的生物分子反应层级与交互图谱。
STRING Database
全球应用最广泛的蛋白质相互作用数据库，整合物理结合与功能共表达证据，构建 PPI 互作网络与核心 Hub 基因首选。
Enrichr
Ma'ayan 实验室开发的综合富集平台，集成上百个基因集库（转录因子、通路、表型、疾病），API 支持极佳。
BioGRID
经人工审阅的高可靠性生物物理相互作用数据库（包含 PPI、遗传相互作用与化学相互作用）。
04. 临床预后、免疫浸润与药敏靶标
生存分析、免疫微环境评估算法、抗肿瘤药物敏感性与临床靶点Kaplan-Meier Plotter (KMplot)
快速评估基因/miRNA 在肺癌（LUAD/LUSC）等大规模肿瘤样本中的 OS/PFS/RFS 生存曲线，验证预后靶点必备。
TIMER 2.0
整合 6 种主流免疫解聚算法（CIBERSORT, TIMER, EPIC, xCell 等），在线交叉验证靶基因与肿瘤免疫浸润的相关性。
GEPIA 2 (PKU)
北京大学团队开发的癌症表达分析平台，无缝整合 TCGA 肿瘤与 GTEx 正常组织，快速检验靶基因特异性表达。
GDSC (Genomics of Drug Sensitivity)
全球最大的癌症药物敏感性基因组学数据库，包含数百种抗肿瘤药物在千种细胞系中的 IC50 药敏与突变关联。
OncoKB
MSKCC 维护的精准肿瘤学变异知识库，按 FDA 获批与临床证据级别对突变靶点进行严格的分级评估。
NCBI ClinVar
NCBI 官方人类基因组变异与表型关系数据库，遵循 ACMG 变异致病性分类标准。
05. 核心分析框架与生信生态
R/Bioconductor、Python/scverse、Nextflow/Snakemake 流程标准Bioconductor (R)
全球 R 语言生物学计算核心生态，涵盖 DESeq2, edgeR, ComplexHeatmap, Seurat, SingleCellExperiment 等金标准包。
scverse (Python)
现代 Python 单细胞与空间组学生态的核心基石（Scanpy, Squidpy, AnnData, Muon, scvi-tools, Decoupler）。
nf-core (Nextflow)
全球开源社区打造的工业级生产分析工作流标准（nf-core/rnaseq, nf-core/scrnaseq 等），高度可复现。
UCSC Genome Browser
全球金标准基因组可视化与注释中心，提供海量染色体物理坐标轨道、基因结构及表观修饰数据。
AlphaFold Structure Database
DeepMind 与 EMBL-EBI 联合构建的全球蛋白质 3D 预测结构公共库，覆盖两亿多种蛋白质的三维构象。
Snakemake Workflows
基于 Python 语法的可复现科研流程编排引擎，支持规模化自动化分析与本地/集群调度。
06. AI for Science 与生物大模型
蛋白质语言模型、分子机器学习与智能体科研自动化工具ESM (EvolutionaryScale / Meta)
前 Meta FAIR 团队打造的生物大模型（ESM-2 / ESMFold），引领基于自注意力机制的蛋白质序列与功能预测。
Hugging Face Bio Models
汇集 Geneformer, scGPT, HyenaDNA, Nucleotide Transformer 等单细胞与基因组前沿预训练模型。
BioLib
连接前沿生物 AI 模型与科研人员的开放平台，支持一键调用各类蛋白质设计与序列分析算法。
DeepChem
高质量的开源深度学习库，专为药物发现、材料科学与量子化学建模提供端到端算法支持。
07. 文献检索、序列比对与日常科研工具
权威医学文献索引、预印本追踪、序列比对算法与批量注释工具PubMed (NCBI)
全球最权威的生物医学文献检索系统，收录 3600+ 万篇生命科学论文，支持 MeSH 医学主题词精准检索。
bioRxiv & medRxiv (Preprints)
国际生命科学与临床医学预印本首发阵地，第一时间追踪全球顶级学术机构最新的未见刊科研突破。
Connected Papers
基于语义相似性与引用关系的可视化网络，输入单篇核心论文即可秒级梳理整个课题的文献脉络与演进。
Google Scholar (谷歌学术)
全球覆盖最广的综合学术文献搜索引擎，支持跨学科文献检索、高被引论文筛选与作者学术档案追踪。
NCBI BLAST
全球金标准序列局部比对搜索工具（blastn, blastp, blastx），支持核酸与蛋白质同源序列快速比对与进化分析。
UniProt (Universal Protein Resource)
全球最权威的蛋白质序列、功能结构域、亚细胞定位、转录后修饰（PTM）与突变表型综合注释百科。
Ensembl & BioMart
脊椎动物权威基因组注释数据库，BioMart 工具支持基因 ID 批量转换（Ensembl ↔ Symbol ↔ Entrez）与跨物种同源匹配。
JASPAR Database
权威转录因子结合位点与位置权重矩阵（PWM）数据库，转录调控网络重构与启动子基序扫描核心依据。
Crossref DOI Service
全球学术出版 DOI 注册与解析中心，快速根据 DOI 检索官方文献元数据、BibTeX 格式与权威引用源。
ResearchGate
全球最大的学术科研社交网络，支持同行学术交流、最新研究进展追踪与论文全文求助获取。
Bioinformatics Technical Curriculum
精选全球权威学术机构（Harvard、Broad、EMBL、Sanger、Theis Lab）、Bioconductor 官方与 GitHub 生信领军学者的金标准技术文档与实战教程。
01. 统计计算、Linux 与生信基石
哈佛医学院官方培训、EMBL 统计学金标准教材与 HPC 实践手册Harvard Chan HBC Training
全球最经典的生信入门进阶教学体系。系统涵盖 Linux 命令行、R 基础与 Tidyverse、RNA-seq/ChIP-seq 完整实战与实验设计规范。
Modern Statistics for Modern Biology
Susan Holmes（斯坦福）与 Wolfgang Huber（EMBL / Bioconductor 联合创始人）合著，深度剖析高通量数据的概率模型、广义线性模型与多重检验校正。
Bioinformatics Workbook
美国农业部与爱荷华州立大学联合维护的工程手册，涵盖 HPC 超算集群调度（SLURM/PBS）、自动化 Shell 脚本与核心组学文件格式解析。
02. Bulk 转录组学与差异表达分析
DESeq2 / edgeR 官方工作流、负二项 GLM 拟合与 GSEA 通路富集最佳实践rnaseqGene: RNA-seq Workflow (DESeq2)
Michael Love（DESeq2 作者）撰写的转录组实战指南：涵盖 tximport 转录本聚合、VST/rlog 变换、负二项 GLM、apeglm LFC 收缩与独立过滤机制。
edgeR & limma-voom User's Guide
长达 170+ 页的转录组统计圣经，详尽演示准似然 F 检验（glmQLFit）、TMM 归一化、voom 权重调整以及高阶多因子/配对/交互实验设计。
Pathway Analysis & GSEA Workshop
系统传授 ORA 背景构建、GSEA 预排序算法逻辑、多通路聚类与 Cytoscape / EnrichmentMap 高级出版级网络图谱绘制。
03. 单细胞转录组学全流程实战
OSCA 剑桥圣经、Theis Lab 最佳实践指南与 Seurat / Scanpy 官方生态Orchestrating Single-Cell Analysis (OSCA)
剑桥与 CRUK 顶尖学者（Aaron Lun, John Marioni 等）联合撰写：从矩阵质控（MAD 适应性）、Doublet 识别、scran 归一化到批次校正与 Marker 推断。
Single-cell Best Practices (Theis Lab)
慕尼黑亥姆霍兹中心 Fabian Theis 实验室编写，发表于 MSB，全面确立 Python scverse 生态从原始 FASTQ 到细胞动力学的最佳分析准则。
Seurat Official Documentation (Satija Lab)
Rahul Satija 团队官方教程库：全面涵盖 SCTransform 建模、跨批次整合（RPCA/CCA/Bridge）、多模态加权最近邻（WNN）与参考映射。
Analysis of Single Cell RNA-seq Data
英国 Wellcome Sanger Institute 维护的高口碑公开课，深入剖析 Droplet 测序噪声数学模型、降维流形与拟时序轨迹推断算法原理。
04. 空间转录组学与微环境生态位建模
Visium/Xenium 原位空间反褶积、空间自相关与细胞通讯 (LIANA/CellChat)Squidpy: Spatial Omics Guide (scverse)
构建空间邻域图（Spatial Graph）、计算空间自相关统计量（Moran's I / Geary's C）、受配体共定位打分与局部微环境生态位（Spatial Niches）聚类。
Seurat Spatial Transcriptomics Guide
涵盖 H&E 组织病理切片对齐、空间反褶积（Spatial Deconvolution via RCTD / SPOTlight）与空间可变基因（SVGs）挖掘的最佳流程。
LIANA: Consensus Cell-Cell Communication
整合 CellChat, CellPhoneDB, SingleCellSignalR 等算法的共识受配体推断框架，支持结合单细胞与空间距离加权的微环境通讯分析。
05. 基因组学与变异检测
GATK 官方金标准流水线、Somatic Mutect2 与 Google DeepVariant 深度学习检测GATK Best Practices Workflows
全球最具权威性的基因组变异检测全套准则：涵盖 Germline HaplotypeCaller, 肿瘤体细胞 Mutect2, VQSR 质控过滤与联合分型。
Google DeepVariant Documentation
Google 开源的基于卷积神经网络（CNN）的高精度变异检测工具，在短读长与长读长（PacBio/ONT）测序中表现顶级。
06. 生信流程编排与可复现工程
Nextflow/nf-core 工业级生产流水线与 Snakemake 模块化科研自动化Nextflow & nf-core Official Training
Nextflow 官方实战课程与 nf-core 社区规范：涵盖 DSL2 语法、Docker/Singularity 容器封装、AWS/SLURM 调度与模块化流程构建。
Snakemake Official Best Practices
基于 Python 语法的可复现科研流程编排引擎：详尽讲解规则驱动（Rule-based）、Conda 环境隔离与集群规模化并行执行策略。
07. GitHub 大神与社区精选实战知识库
业内顶尖生信专家独家手记、高阶 ComplexHeatmap 技巧与实战避坑宝典Diving into Genetics and Genomics
哈佛/Dana-Farber 生信总监 Tommy Tang 的全球知名开源知识库，涵盖海量真实生信实战技巧、单细胞/ChIP-seq 疑难避坑指南与 ComplexHeatmap 绝活。
RNA-seqlopedia
全面解析 RNA-seq 从湿实验建库（链特异性、rRNA 去除、测序深度）到干实验分析的基础理论百科，打通干湿实验壁垒。
Bio-Tools & AI Agent Download Hub
汇聚全球主流大厂 AI 编程智能体、R / Python 极速科学计算环境官方直链、一键生信安装脚本与专属科研 Skill / MCP 插件包。
01. 顶级大厂 AI 编程与科研 Agent 官方矩阵
全球领军级 AI Code Editor、自主终端 Coding Agent、Google Antigravity 与生命科学开源 AgentCursor
🔥 行业标杆当前全球公认综合能力最强、体验最丝滑的 AI 原生代码编辑器，深度整合项目全局 Context Index 与多模型一键切换。
Google Antigravity & Gemini
🌟 DeepMind 架构Google DeepMind 前沿智能体与代码推理架构，依托 200 万超长 Token 上下文与多智能体协同流水线，支持全仓库高精理解与端到端自主编程。
Claude & Claude Code (CLI)
⭐ 顶尖推理Claude 3.5 Sonnet / Opus 顶尖学术与代码推理大脑；最新发布的 Claude Code 支持在命令行中自主理解代码库、执行测试与 Git 协同。
OpenAI Codex & ChatGPT
官方客户端OpenAI 官方桌面客户端与 Canvas/Codex 编程体系，内置 Python 沙盒与 Advanced Data Analysis，支持直接导入表格进行统计制图与代码解释。
Windsurf IDE (Codeium)
✨ 创新交互Codeium 推出的下一代自主 Agent IDE，独创 Cascade 状态流机制，能够在多文件重构中实现人机无缝协作与深层上下文联动。
Cline / Roo Code
开源硬核100% 开源透明的 VS Code 终端 Agent，原生支持 MCP 协议、文件读写与终端命令执行，支持接入自定义 API 密钥。
PaperQA (FutureHouse)
🧬 Open Science前 DeepMind 与顶级科学家发起的 FutureHouse 开放科学 Agent：自主检索并交叉验证全网 PubMed 文献，输出带 DOI 严谨引用的生物学综述。
ChemCrow
🧪 化学与制药集成 18+ 外部化学与分子计算工具（RDKit, Rxn4Chem, PubChem）的自主化学 Agent，用于有机合成路径规划与药物分子性质推理。
BioChatter & BioCypher
欧洲生信开源欧洲生物信息中心开源的生物医学知识图谱与对话式 Agent 框架，实现与 UniProt、STRING、OncoKB 的零幻觉深度结构化交互。
OpenBioMed
清华 AIR & 腾讯清华大学智能产业研究院与腾讯联合开源的多模态生物医学数据建模套件，覆盖药物分子-蛋白质相互作用（DTI）与单细胞图谱建模。
02. R 语言与 RStudio 权威环境与加速配置
CRAN 官方安装包、清华大学镜像高速通道与 Posit P3M 二进制秒级安装R 官方发行版 (CRAN)
官方基石全球科学统计与生物信息学计算核心基石。国内推荐使用清华大学 TUNA 镜像站，下载速度可达数十兆每秒。
RStudio Desktop (Posit)
推荐 IDE生信学者装机必备 IDE，拥有卓越的变量浏览器、绘图面板、Markdown 文档渲染与断点调试器。
Rtools (Windows 编译工具链)
Windows 必备Windows 用户在安装包含底层 C/C++ 算法的 Bioconductor 包（如 DESeq2 / Seurat）时必须配套安装的编译套件。
Posit Package Manager (P3M)
⚡ 秒级安装Posit 官方提供的预编译 CRAN / Bioconductor 二进制源，彻底告别漫长的本地编译，安装速度提升 10 倍！
03. Python 科学计算与极速包管理环境
Miniforge/Mamba 开源发行版、Astral uv 极速包管理器与官方 PythonMiniforge / Mamba
🔥 生信首选默认预配置 `conda-forge` 与 `bioconda` 源，基于 C++ 依赖解析器速度提升 10 倍，完全免费开源且无商业版权纠纷。
uv (Astral)
⚡ 10-100x 极速比传统 `pip` 与 `virtualenv` 快 10 到 100 倍！原生支持自动下载 Python 各版本、秒级创建隔离虚拟环境并解析依赖。
Python 官方发行版
官方标准Python 官方独立安装包。在生物信息学生态中，推荐安装 **Python 3.10 或 3.11**，具备对 Scanpy、PyTorch 及底层 C 库最佳的兼容性。
04. 🚀 生信科研环境一键初始化脚本
点击即可一键复制经过工业级验证的生产环境快速配置脚本与装机命令# ==============================================================================
# Li Zhiyang (eto-1024) - R 生信核心包一键加速安装脚本
# ==============================================================================
options("repos" = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
install.packages("BiocManager")
}
# 批量安装 CRAN + Bioconductor 核心生信与可视化套件
bio_packages <- c(
"DESeq2", "edgeR", "limma", "Seurat", "SingleCellExperiment",
"ComplexHeatmap", "clusterProfiler", "org.Hs.eg.db", "org.Mm.eg.db",
"tidyverse", "ggplot2", "patchwork", "pheatmap", "survival", "survminer"
)
BiocManager::install(bio_packages, update = FALSE, ask = FALSE)
message("🎉 所有 R 语言核心生信包安装配置完成！")# ==============================================================================
# Li Zhiyang (eto-1024) - Python 生信虚拟环境一键快速部署 (Mamba / Conda)
# ==============================================================================
# 1. 创建基于 Python 3.10 的独立生信虚拟环境
mamba create -n bio-env python=3.10 -y
mamba activate bio-env
# 2. 批量安装 Scanpy、空间组学及高性能数据科学依赖
mamba install -c conda-forge -c bioconda \
scanpy squidpy scvi-tools anndata polars biopython \
jupyterlab matplotlib seaborn scikit-learn -y
echo "🎉 Python 生信与单细胞/空转分析环境 (bio-env) 构建完成！"# ==============================================================================
# Li Zhiyang (eto-1024) - Windows Terminal 极速装机命令
# ==============================================================================
winget install RProject.R --accept-package-agreements --accept-source-agreements
winget install Posit.RStudio --accept-package-agreements --accept-source-agreements
winget install CondaForge.Miniforge3 --accept-package-agreements --accept-source-agreements
winget install Astral.uv --accept-package-agreements --accept-source-agreements05. 🧬 科研 AI Agent 专属 Skill 包 & MCP 协议生态
模型上下文协议 (Model Context Protocol) 与生信自动化 Prompt/Skill 体系Bioinformatics Agent Skills
Agent 规范专为 AI Agent（Antigravity / Cursor / Claude Code）打造的标准化生信执行准则，涵盖自适应质控、负二项 GLM、LFC 收缩与变异过滤。
Bio-Research MCP Servers
🔥 MCP 协议基于 Anthropic Model Context Protocol 协议，让 AI 具备直接在本地检索 PubMed 文献、查询 UniProt 蛋白质注释与 Ensembl 基因坐标的实时扩展能力。
{
"mcpServers": {
"ncbi-pubmed": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-pubmed"],
"description": "实时检索 PubMed 论文、摘要及引用网络"
},
"filesystem-workspace": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-filesystem", "./data"],
"description": "安全访问本地多组学原始数据与中间矩阵"
}
}
}